Damit der Organismus fehlerfrei funktionieren kann, ist es von entscheidender Wichtigkeit, dass auch die Verdauung gesund ist und funktioniert. Der österreichische Arzt Dr. F. X. Mayr erkannte diese Grundbedingung für die menschliche Gesundheit und er entwickelte daraufhin ein Konzept für die richtige Ernährung. Mit diesem Ernährungsplan kann sich der Darm regenerieren und nebenbei lernt der Patient auch noch den richtigen Umgang mit  Nahrungsmitteln.

Das Ernährungskonzept sieht als Frühstück nur Semmeln und/oder Milch vor, viele Menschen schaffen in der Hektik am Morgen ohnehin nicht mehr, sodass wenigstens dieser Teil der Kur sehr leicht zu erfüllen ist. Ganz wichtig ist laut Mayr außerdem, dass die drei Pfeiler Schonung, Schulung und Säuberung beachtet und ausgeführt werden.

Man darf während der F.X.Mayr-Kur nur sehr kleine Portionen zu sich nehmen und muss jeden Bissen mindestens 20mal kauen, bevor man schlucken darf. Zwischenmahlzeiten sind grundsätzlich untersagt. Das Abendessen als letzte Mahlzeit am Tag fällt ebenfalls nur sehr spärlich aus, und schwer verdauliche Lebensmittel und Rohkost sind nach 18 Uhr verboten, damit der Darm nicht mehr arbeiten muss, sondern sich erholen kann.

Ein großer Nachteil der F.X.Mayr-Kur ist, dass die vielen verschiedenen Regeln und Bestandteile der Nahrung dazu führen, dass man die Kur nur sehr schwer allein zu Hause anwenden kann. Daher ist es am Besten, wenn man sich zur Unterstützung an ein Zentrum wendet, dass auf professioneller Basis während der Anwendung begleitet. Für den Langzeiterfolg ist es sehr wichtig, dass man auch nach Abschluss der Kur an der Ernährungsumstellung festhält.

Um den Organismus am Morgen so richtig anzukurbeln, kann man ein Glas Bitterwasser zu sich nehmen. Dieses reinigt den Körper zusätzlich von Schlackestoffen. Der Körper schaltet während der Kur von einer äußeren auf eine innere Ernährung um und baut dann immer mehr Schadstoffe ab, je länger die Kur voranschreitet.